Фамилия Альдуганова — женская форма фамилии Альдуганов. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ов/-ев, реже на -ин, и образованы от прозвища или имени предка по мужской линии. В данном случае основа — «Альдуган», а суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Альдугана). Сама основа звучит не по-русски и явно тюркского происхождения.

Скорее всего, в основе лежит тюркское мужское имя или прозвище Алтын (или Алтун), что значит «золото». В тюркских языках звук «т» перед гласными мог переходить в «д» или смягчаться, особенно в диалектах. Форма «Альдуган» могла возникнуть из «Алтын-хан» или «Алтын-гана» (золотой хан, золотая кровь) с последующим стяжением. Аффикс -ган в тюркских языках часто образует причастия или имена со значением «сделавший что-то» или «обладающий признаком». Таким образом, Альдуган могло означать «позолоченный», «золотой», либо быть личным именем с пожелательным смыслом.

Географически фамилия Альдуганов/Альдуганова встречается в регионах с сильным тюркским субстратом: в Поволжье (Татарстан, Башкирия), на Северном Кавказе (особенно в Дагестане, среди кумыков или ногайцев), а также среди казахских и башкирских родов. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда крестьяне и казаки из тюркской среды получали фамилии по отцу.

Есть и менее вероятная версия: связь с арабским именем Али (высокий, возвышенный) через форму Али-дуган (друг Али), но это сложное построение, и тюркская этимология выглядит убедительнее. Суффикс -ова делает фамилию стандартной для русской паспортной системы, но по происхождению она не русская, а заимствованная вместе с носителем.

Носительница фамилии Альдуганова может с высокой вероятностью вести род от тюркского предка, которого прозвали или назвали «золотым» — возможно, за светлые волосы, богатство, знатное происхождение или уважение в общине. Фамилия редкая, и её сохранение говорит о том, что род не прерывался и сохранил память о корнях.