Фамилия Алдусев образована от имени Алдусь — народной, разговорной формы крестильного имени Евдоким. Это имя пришло на Русь из греческого языка, где Εὐδόκιμος означает «славный» или «окружённый почётом». В православной традиции известен преподобный Евдоким Каппадокиец, проживший, по житию, тридцать три года и прославившийся чудотворениями после смерти.

Имя Алдусь — результат характерного для русской бытовой речи сокращения: от «Евдоким» отсекли начало и оставили корневую часть, добавив мягкий суффикс -усь. Такой способ образования имён типичен для XVI–XVII веков: наряду с Алдусем в документах встречаются Алдуха, Алдушка и другие производные от того же корня. Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Алдусев буквально значит «сын Алдуся» или «потомок Алдуся».

Фамилия редкая, встречается в основном на территориях бывшего Русского Севера и центральных областей — там, где крестьянские фамилии на -ев закрепились раньше, чем в черноземье. Сословно, скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия: имя Алдусь не было дворянским, а в документах XVII–XVIII веков такие формы чаще носили посадские люди и сельские жители.

Если сравнивать с однокоренными — Алдухов, Алдушкин, Алдунин — фамилия Алдусев выделяется именно суффиксом -ев, который в данном случае закрепил не полную форму имени, а его уменьшительно-ласкательный вариант. Это делает фамилию не просто отчеством, а свидетельством семейного прозвища, передававшегося по наследству.