Фамилия Алдюхов происходит от мужского крестильного имени Евдоким, которое в переводе с древнегреческого означает «славный, окруженный почетом». В основу фамилии легла производная, обиходная форма этого имени — Алдюх. Такое переосмысление звучания характерно для русской народной традиции: полное церковное имя сокращали и приспосабливали к повседневной речи, отбрасывая первый слог или меняя корень.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Алдюха». Формант -ов типичен для русских фамилий, образованных от имен, прозвищ или профессий, оканчивающихся на твердый согласный. Таким образом, Алдюхов — это потомок человека, которого в быту звали Алдюх (уменьшительная форма от Евдокима).

Само имя Евдоким было распространено среди простых крестьян и мещан, особенно в северных и центральных губерниях России. Фамилии на -ов от его производных (Евдокимов, Докимов, Алдюхов) встречаются с разной частотой, причем вариант Алдюхов — один из самых редких. Он сохранил архаичную фонетическую черту: переход начального «Ев» в «Ал» через упрощение и замену звуков, что встречается в диалектах (ср. Алёна из Елена). Географически фамилия преимущественно привязана к южнорусским и поволжским регионам, где подобные стяженные формы имен были особенно употребительны.

Иных версий происхождения, например от тюркских или финно-угорских корней, у фамилии нет — она целиком славянская по словообразованию и восходит к православному именнику.