Фамилия Алексенский — одна из тех, что сразу выдают географическое происхождение носителя. Её основа — имя Александр, но не напрямую, а через уменьшительную или обиходную форму Алексеня. Суффикс -ский указывает на то, что фамилия образована по польско-белорусской или украинской модели, типичной для шляхты и духовенства. В русской традиции такие фамилии часто давали по названию имения или местечка: если предок владел землёй или жил в селе, названном в честь Александра (например, Алексеново, Алексенки), то его потомки становились Алексенскими. Вторая, более бытовая версия — фамилия могла возникнуть у крестьян, переселившихся из одного села в другое: «алексенский» означало «родом из Алексенок».

Суффикс -еня в основе (Алексеня) — характерная черта западнорусских и белорусских говоров, где так образовывали ласкательные имена. Сравните: Петреня, Гриценя, Иваненя. Это значит, что фамилия могла закрепиться за сыном или внуком человека, которого в округе звали Алексеней. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ский редко образовывали напрямую от личных имён в народной среде — чаще через прозвище или место.

По сословному составу Алексенские встречаются и среди дворян, и среди духовенства, и среди крестьян. В Российской империи фамилии на -ский в центральных губерниях нередко носили выходцы из духовного звания — семинаристы получали такую фамилию при поступлении, переделав фамилию отца или имя в честь святого. Однако для Алексенского это скорее исключение, чем правило: слишком явная привязка к имени Александр, а не к церковной топонимике.

Встречается фамилия в основном в западных областях России (Смоленская, Брянская) и на востоке Беларуси. Встречаются варианты написания с одной «с» — Алексенский, но это скорее результат упрощения при записи в советских паспортах. В дореволюционных метрических книгах обычно писали с двумя «с», как и полагается при суффиксе -ский от основы на -ен.