Фамилия Альен — редкий для России случай, когда родовое имя почти наверняка имеет не славянское, а западноевропейское происхождение. В русском языке нет ни корня «аль-» в значении прозвища или профессии, ни продуктивной модели образования фамилий на -ен, которая встречается в украинских (через суффикс -енко) или польских фамилиях. Поэтому первое, что приходит в голову, — это французский след.

Наиболее вероятная версия: Альен — это русифицированная форма французской фамилии Allain или Alin. Во Франции фамилия Allain восходит к личному имени Alain (Ален), которое, в свою очередь, имеет кельтские корни и означает «красивый» или «светлый». В России носители такой фамилии могли появиться в XVIII–XIX веках среди французских гувернёров, офицеров, купцов или ремесленников, осевших в империи. При записи в документы французское Allain могли записать на слух как «Альен», отбросив второе «а» или заменив окончание на более привычное для русского уха.

Менее распространённая, но возможная версия — фамилия могла возникнуть в среде немецких колонистов или еврейских переселенцев. В немецком языке есть фамилия Ahlen (от названия города Ален в Вестфалии) или Allen, которая при адаптации могла превратиться в «Альен». В еврейской среде фамилия могла быть искусственной, образованной от аббревиатуры или библейского имени, но это уже область догадок без твёрдых подтверждений.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет ни типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский), ни украинского (-енко, -ук). Фактически это чистая основа, что подчёркивает её иноязычный характер. В дореволюционных метрических книгах такую фамилию могли писать по-разному: Альен, Ален, Аллен — пока не устоялось единообразие.

Социальный состав носителей, скорее всего, был неоднородным. Если фамилия действительно французская, предки могли быть дворянами или городскими жителями (учителя, врачи, мастера). Если немецкая — ремесленниками или крестьянами-колонистами. Но без конкретных генеалогических изысканий сказать точнее невозможно — фамилия слишком редкая, чтобы делать обобщения по регионам.