Фамилия Альен — редкий для России случай, когда родовое имя почти наверняка имеет не славянское, а западноевропейское происхождение. В русском языке нет ни корня «аль-» в значении прозвища или профессии, ни продуктивной модели образования фамилий на -ен, поэтому первое, что приходит в голову, — французский след.

Наиболее вероятная версия: Альен — это русифицированная форма французской фамилии Allain или Alin. Во Франции Allain восходит к личному имени Alain (Ален) с кельтскими корнями, означавшими «красивый» или «светлый». В России носители такой фамилии могли появиться в XVIII–XIX веках среди французских гувернёров, офицеров, купцов или ремесленников, осевших в империи. При записи в документы французское Allain записывали на слух как «Альен», отбросив второе «а» или заменив окончание на более привычное для русского уха.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. В ней нет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский) или украинского (-енко, -ук). Фактически это чистая основа, что подчёркивает её иноязычный характер. В дореволюционных метрических книгах такую фамилию могли писать по-разному: Альен, Ален, Аллен — пока не устоялось единообразие. Эта вариативность написания — дополнительный аргумент в пользу того, что фамилию принесли извне и адаптировали на слух, а не образовали в русской среде.

Менее распространённая, но возможная версия — фамилия могла возникнуть в среде немецких колонистов или еврейских переселенцев. В немецком языке есть фамилия Ahlen (от названия города Ален в Вестфалии) или Allen, которая при адаптации могла превратиться в «Альен». В еврейской среде фамилия могла быть искусственной, образованной от аббревиатуры или библейского имени, но это уже область догадок без твёрдых подтверждений.

Социальный состав носителей, скорее всего, был неоднородным. Если фамилия действительно французская, предки могли быть дворянами или городскими жителями — учителями, врачами, мастерами. Если немецкая — ремесленниками или крестьянами-колонистами. Но без конкретных генеалогических изысканий сказать точнее невозможно: фамилия слишком редкая, чтобы делать обобщения по регионам.