Фамилия Аленин — один из тех случаев, когда за привычным окончанием «-ин» может скрываться как женское, так и мужское имя. Самая распространённая версия: в основе лежит народная форма имени Елена — Алёна. В переводе с греческого Елена означает «светлая, сверкающая» или «огненная». В этом случае фамилия Аленин — отчество по матери: «чей?» — Аленин, то есть сын или потомок женщины по имени Алёна.

Но есть и другая, менее очевидная линия. Имя Аленка в старину могло быть уменьшительной формой мужских имён Александр («защитник людей») или Алексей («помощник, заступник»). Если так, то фамилия изначально отчественная, но не от крестильного, а от обиходного, домашнего имени. В крестьянской среде такие формы были обычны, и основатель рода Алёниных, скорее всего, был человеком простого звания.

Третья версия затрагивает написание через «о» — Оленин. В говорах с «аканьем» начальный гласный О мог переходить в А, и прозвище Олень, образованное от тех же имён, со временем закрепилось на письме как Аленин. Таким образом, одна и та же фамилия могла появиться в разных регионах из разных источников.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Алёнин. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия недворянская, не искусственная — она сложилась естественным путём в среде, где отчество по матери или по домашнему имени было нормой.