Фамилия Аленко образована по типичной для украинских и белорусских земель модели с суффиксом -енко. Этот суффикс означает «сын» или «потомок», так что Аленко — буквально «маленький Алёна» или «сын Алёны». В основе лежит женское имя Алёна (народная форма от Елена), которое в православной традиции означает «светлая», «сияющая».

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые чаще указывали на принадлежность отцу по имени (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко могли закрепляться за ребёнком, чью мать или бабку звали Алёна. В крестьянской среде, где женщины нередко становились главами семей после смерти мужа или в неполных семьях, такие «матронимические» фамилии встречались, хотя и реже отчественных.

В письменных источниках фамилия Аленко фиксируется в основном на Левобережной Украине и в южных областях России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские казаки и крестьяне. Встречаются варианты написания: Аленко, Алёнко, Алиенко — последний мог возникнуть под влиянием польской орфографии, где «i» смягчает предшествующую согласную.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «алёна» могло быть прозвищем для светловолосой или задумчивой девушки, но первичным всё же остаётся связь с именем. В отличие от фамилий Алёшин или Аленин, которые образованы напрямую от имени Алёша или Алёна с русскими суффиксами, Аленко — маркер южного, украинского происхождения рода.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна: среди Аленко встречались как казаки, так и крестьяне, а в XIX веке — и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет, что типично для фамилий на -енко, которые в основном оставались простонародными.