Фамилия Алигусейнова — женская форма от Алигусейнов, и разбирать её стоит не с суффикса, а с основы. Это сложное арабское имя Алигусейн (Али-Гусейн), типичное для тюркских и кавказских языков, особенно азербайджанского и дагестанских. Двухкомпонентные имена здесь соединяли в честь ключевых фигур ислама: Али — зять пророка Мухаммеда, Гусейн — его внук, особо почитаемые у мусульман-шиитов. Составное имя Алигусейн буквально означает «Али и Гусейн» или «принадлежащий к роду Али и Гусейна», что подчёркивало глубокую религиозную или родовую связь носителя.

Словообразовательная модель проста: к основе Алигусейн добавили русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Алигусейнов). Фамилия образована от имени отца или основателя рода: Алигусейнов значит «сын Алигусейна». Женская форма Алигусейнова — грамматическое изменение по правилам русского языка, без изменения смысла.

Географически фамилия чаще всего встречается в Азербайджане, Дагестане и среди азербайджанской диаспоры. В России она распространена в регионах с компактным проживанием лезгин, аварцев и других народов, где популярны арабские имена в честь имамов. В отличие от фамилий на -оглы, сохраняющих тюркскую конструкцию, вариант на -ов показывает, что фамилию оформляли уже в русской административной системе, особенно в XIX–XX веках при переписях и паспортизации.

Споров о происхождении почти нет: корень прозрачный. Редкость фамилии в том, что она не усечённая (как Алиев или Гусейнов), а полная, составная. Это указывает на то, что предок, вероятно, носил именно двойное имя — характерная черта для семей, особенно чтивших шиитские традиции. Предки носительницы фамилии могли быть как крестьянами, так и духовными лицами — сельскими муллами или уважаемыми старейшинами, дававшими детям имена в память о святых.

В написании стоит обратить внимание на отсутствие дефиса: в русских документах такие имена часто писали слитно, хотя в оригинале (на арабском или азербайджанском) они разделялись. Это не ошибка, а стандартная практика русификации.