Фамилия Алилуенко — один из тех случаев, когда за привычным украинским суффиксом скрывается неочевидная и даже скандальная основа. На первый взгляд, перед нами типичная фамилия на -енко (патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок»), широко распространённая на Левобережной Украине. Однако корень «алилуй» заставляет задуматься: это не крестильное имя и не профессия.

Самая правдоподобная версия — происхождение от церковного возгласа «аллилуйя» (хвала Богу). В среде украинского и южнорусского духовенства нередко давали «певческие» фамилии — по ключевым словам богослужения. Алилуенко мог получить сын дьячка или псаломщика, который славился пением аллилуйи, или же сам носитель прозвища Алилуй/Алилуя. Аналогичные фамилии — Аллилуев, Аллилуевский, Аллилуенко. Известный факт: фамилия Аллилуев (без «н») была у рода, к которому принадлежала Надежда Аллилуева, жена Сталина. Форма Алилуенко — украинский вариант той же модели, но с суффиксом -енко, характерным для казацкой и крестьянской среды.

Менее убедительна версия о связи с тюркским словом «али» (высокий) или греческим именем Алилуй. Во-первых, суффикс -енко в украинской ономастике почти всегда крепится к славянским или христианским основам, а не к заимствованиям из степных языков. Во-вторых, в исторических документах XVII–XVIII веков на территории Гетманщины встречаются прозвища Алилуй именно в церковном контексте.

Географически фамилия Алилуенко тяготеет к Полтавской, Черкасской и Киевской областям. В России она редка и встречается в основном у потомков переселенцев с Украины. Социальная принадлежность предков — скорее всего, казацкая старшина или духовное сословие (причетники, дьячки). В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, что подтверждает её непривилегированное происхождение.

Словообразовательная модель проста: основа Алилу(й) + суффикс -енко, указывающий на родство. В бытовой речи XIX века форму Алилуенко могли записывать и как Аллилуенко (с двойной «л»), но в современном написании закрепился вариант с одной «л».