Фамилия Аллилуев — один из редких примеров, когда в основе фамилии лежит не имя, не прозвище и не ремесло, а богослужебное восклицание. Слово «аллилуйя» восходит к древнееврейскому «халелу-Йа’х» — «хвалите Господа», и в христианском богослужении оно стало устойчивым припевом, выражающим радость и славословие. Фамилию образовали от этого слова с помощью патронимического суффикса -ев, который в русской ономастике обычно присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й.

Здесь есть одна неочевидная деталь, выделяющая Аллилуева среди похожих фамилий. По правилам русского языка суффикс -ов присоединяется к словам мужского рода, а -ев — к основам на -ь или -й. Сравните: от нарицательного «роза» возникла фамилия Розов, хотя логичнее было бы ожидать Розин. В случае с «аллилуйя» слово женского рода, но фамилия всё равно получила суффикс -ев, а не -ин. Это говорит о том, что в основе лежало не прямое значение слова, а прозвище человека, которого в церковной среде прозвали по характерному возгласу — возможно, за частоту его употребления, за громкий голос или за особое усердие в пении.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был церковнослужителем низшего чина — псаломщиком, дьячком или певчим. В приходской среде такие прозвища давали по заметной особенности поведения или речи, и «Аллилуй» (или «Аллилуйя») могло закрепиться за человеком, который особенно истово или красиво выводил этот возглас во время литургии. Варианты вроде Аллилуев, Аллилуевский или Аллилуйкин разошлись по разным регионам, но именно форма на -ев стала самой распространённой.

В отличие от многих фамилий духовного сословия, которые часто образовывались от названий церковных праздников или имён святых (Рождественский, Успенский), Аллилуев стоит особняком — его источник не событие и не имя, а само действо богослужения, его звуковая ткань. Это делает фамилию не просто семинарской, а скорее народно-церковной, возникшей в среде, где латинские и греческие литургические термины переосмыслялись на бытовом уровне.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, но точной географической привязки нет — слишком редкая. Известных носителей, вошедших в историю, немного, и самый громкий случай — семья Аллилуевых, породнившаяся с советской политической элитой, что дало фамилии дополнительную известность, но не изменило её исходного, сугубо церковного происхождения.