Фамилия Аллилуева образована не от имени или профессии, а от богослужебного восклицания «аллилуйя». Слово пришло из древнееврейского «халелу-Йа’х» — «хвалите Господа». В христианском богослужении это жизнерадостное воздаяние хвалы Богу, многократно повторяемое в песнопениях. Связь фамилии с церковной лексикой очевидна, но механизм перехода от возгласа к прозвищу, а затем к фамилии, не так прост.

В русской ономастике известен случай, когда слово женского рода или неизменяемое заимствование получает суффикс -ов, хотя по правилам он присоединяется к основам мужского рода. Сравните: от нарицательного «роза» возникла фамилия Розов, а не Розин. То же произошло с «аллилуйей»: основой стала форма на -а, но суффикс выбрали -ов, а не -ин. Это указывает, что фамилия складывалась в среде, где книжная, церковная форма слова перевесила бытовую грамматику.

Прозвище Аллилуй (или Аллилуя) могли дать человеку, который часто пел или выкрикивал это слово в храме, либо пономарю с громким голосом, либо просто набожному прихожанину. В документах XVII–XVIII веков встречаются единичные записи крестьян и церковнослужителей с таким прозвищем, но массового распространения оно не получило. Фамилия осталась редкой, пока не стала известна благодаря Надежде Аллилуевой, жене советского руководителя.

Точное время и место возникновения рода Аллилуевых без генеалогических изысканий не установить. Ясно одно: основа фамилии — не бытовое слово, а богослужебный возглас, что выделяет её среди прочих «церковных» фамилий вроде Пономарёв или Троицкий.