Фамилия Аллилуйкин — один из самых ярких примеров того, как в русскую фамильную систему попали слова из церковного обихода. В основе лежит возглас «аллилуйя» (от древнееврейского «хвалите Господа»), который многократно повторяется в православном богослужении. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аллилуйкин буквально означает «сын Аллилуйки» или «человек из семьи Аллилуйки».

Ключевой вопрос — кем был тот самый Аллилуйка? В крестьянской среде, где фамилии часто давали по именам или прозвищам отца, такое прозвище мог получить человек, имевший отношение к церковному пению: либо певчий, который особенно часто или громко выкрикивал «аллилуйя», либо дьячок, либо даже священник. Второй, менее вероятный, вариант — прозвище дали за манеру речи или за привычку вставлять в разговор восклицания, напоминающие церковные возгласы. Третья версия, которую приводят некоторые исследователи, — что это была «охранительная» фамилия, данная ребёнку, родившемуся на Пасху или в другой большой праздник, когда «аллилуйя» звучит особенно часто. Однако эта гипотеза слабая: для таких случаев на Руси чаще использовали фамилии от названий праздников (Рождественский, Успенский) или имён (Пасхалов).

Фамилия редкая и имеет ярко выраженный церковный оттенок. Она стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Аллилуев, Аллилуйский, Аллилуйщиков. По географии бытования Аллилуйкины встречаются в основном в центральных и северных областях России, где приходские списки и метрические книги фиксировали прозвища духовных лиц и их детей. В дворянских родословных эта фамилия не встречается — это однозначно фамилия духовного или крестьянского сословия, чаще всего бывших церковнослужителей или их потомков.

Словообразовательная модель проста: от основы «аллилуй-» с помощью уменьшительно-пренебрежительного суффикса -к- (Аллилуйка) и притяжательного -ин. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ка: Ивашка → Ивашкин, Гришка → Гришкин. Аллилуйкин — это «чей?» — сын того, кого звали Аллилуйкой.