Фамилия Аллилуйкин сразу бросается в глаза: это не крестьянское прозвище от ремесла и не производное от мирского имени, а прямой перенос церковного возгласа в фамильную форму. Основа — «аллилуйя» (древнееврейское «хвалите Господа»), слово, которое многократно звучит в православном богослужении. Суффикс -ин здесь работает по модели принадлежности: Аллилуйкин означает «сын Аллилуйки» или «человек из семьи Аллилуйки». Словообразовательная цепочка простая: от основы «аллилуй-» добавили уменьшительно-пренебрежительный суффикс -к- (получилось Аллилуйка), а затем притяжательный -ин. Это типичный для русских фамилий путь от прозвищ на -ка: как Ивашка превратился в Ивашкина, а Гришка — в Гришкина, так и Аллилуйка дал Аллилуйкина.

Главный вопрос — кого на самом деле прозвали Аллилуйкой. В крестьянской и церковной среде такое прозвище скорее всего получал человек, имевший прямое отношение к богослужебному пению: певчий, который особенно громко или часто выкрикивал «аллилуйя», либо дьячок, а то и сам священник. Менее вероятная версия — прозвище закрепилось за манеру речи, за привычку вставлять в разговор церковные восклицания. Некоторые исследователи предполагают, что это могла быть «охранительная» фамилия, данная ребёнку, родившемуся на Пасху или в другой большой праздник, когда «аллилуйя» звучит особенно часто. Но эта гипотеза слабая: для таких случаев на Руси использовали фамилии от названий праздников (Рождественский, Успенский) или имён (Пасхалов), а не от богослужебных возгласов.

Фамилия редкая, с ярко выраженным церковным оттенком. Она стоит в одном ряду с однокоренными Аллилуев, Аллилуйский, Аллилуйщиков. По географии бытования Аллилуйкины встречаются в основном в центральных и северных областях России — там, где приходские списки и метрические книги фиксировали прозвища духовных лиц и их детей. В дворянских родословных эта фамилия не встречается: это однозначно фамилия духовного или крестьянского сословия, чаще всего потомков церковнослужителей.