Фамилия Алилуйкин — редкий пример, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешность, а церковное восклицание. Она образована от слова «аллилуйя» (хвала Богу) через суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Алилуйкин, то есть сын или потомок Алилуйки.

Ключевая особенность — суффикс -к-, стоящий между корнем и фамильным -ин. В русской ономастике это типичный уменьшительно-бытовой формант. «Алилуйка» — не полное имя, а прозвище или внутрисемейное имя человека, которое ему могли дать по двум причинам. Первая: сам носитель часто пел или выкрикивал «аллилуйя» в церкви — возможно, пономарь или особенно усердный прихожанин. Вторая: такое прозвище мог получить ребенок, родившийся в день большого церковного праздника, где это восклицание звучало особенно часто (например, на Пасху). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели с основой из богослужебных возгласов упоминаются как редкие, но характерные для духовной среды.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где была сильна традиция давать прозвища по церковному обиходу. Встречается она нечасто — в основном в документах XIX — начала XX века, что подтверждает её происхождение из крестьянской или мещанской среды, а не из дворянской. Социальный контекст прост: предок Алилуйкин, скорее всего, был либо церковнослужителем низшего ранга (пономарь, дьячок), либо крестьянином, получившим прозвище за громкое и радостное пение в храме. Вариант с ударением на последний слог — АлилуйкИн — более вероятен, чем на второй, так как суффикс -ин в фамилиях всегда ударный.