Фамилия Алилуйкина — женская форма фамилии Алилуйкин, и её происхождение напрямую связано с церковным обиходом. В основе лежит слово «аллилуйя» (хвала Богу), которое многократно повторяется во время богослужения. Однако прямой путь от этого восклицания к фамилии неочевиден, и здесь есть как минимум две версии.

Первая и наиболее вероятная: фамилия образовалась от мирского имени или прозвища Алилуйка. В русской традиции, особенно в среде духовенства и крестьян, было принято давать «говорящие» имена, связанные с церковной службой. Алилуйкой могли называть человека, который часто пел или выкрикивал это слово во время молитвы, либо того, кто получил такое имя при крещении (по святцам такого имени нет, но в народной среде это было возможно). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Алилуйкин, то есть сын или потомок Алилуйки.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: фамилия могла закрепиться за человеком, который вёл себя необычно во время службы, например, слишком громко или неуместно возглашал «Аллилуйя». В таком случае прозвище носило бы ироничный или осуждающий оттенок.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и северных регионах России, где были сильны старообрядческие традиции. У староверов слово «аллилуйя» и его произношение имели особое значение, что могло повлиять на возникновение прозвищ.

Словообразовательная модель проста: основа «алилуй-» + уменьшительный суффикс «-к-» (Алилуйка) + притяжательный суффикс «-ин». Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Алилу́йкина. Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, вероятнее всего, были крестьянами или людьми из церковной среды, где подобные «богослужебные» прозвища были в ходу.