Фамилия Алитойть — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, а корень уходит в прибалтийско-финскую языковую среду. Это не русская фамилия в привычном понимании, а скорее русифицированная форма исходной фамилии финского или карельского происхождения. Основа «Алитой» или «Алитойть» восходит к финскому слову alittaa или его диалектным вариантам, которые означают «занижать», «принижать», «умалять». Вряд ли речь идёт о прямом прозвище «принижающий» — скорее всего, это производное от географического названия, например, от гидронима Alinen или Alinenjärvi («Нижнее озеро»), характерного для топонимики Карелии и Финляндии.

Суффикс -ойть (-öittä) в финском языке — типичный глагольный или отыменный формант, указывающий на действие или свойство. В русской записи он превратился в фамильное окончание -ойть, которое закрепилось при паспортизации. По модели образования фамилия Алитойть — это застывшая форма, которую в русских документах XIX — начала XX века записали «на слух»: при переписи населения или при выдаче документов чиновник мог передать финское произношение русскими буквами без адаптации под типовые суффиксы (типа -ов, -ин). Поэтому у фамилии нет привычного русского суффикса принадлежности — она осталась в «сыром» виде.

Географически фамилия привязана к северо-западу России: Карелия, Ленинградская область, возможно, бывшая Выборгская губерния. Носители фамилии — потомки ингерманландских финнов, карелов или вепсов, которые жили на территории, где столетиями соседствовали русская и финская речь. Вероятно, предок получил прозвище по месту жительства у Нижнего озера или по реке с похожим названием, а при переходе в православие или при записи в метрические книги фамилию не переделали на русский лад.

Встречаются варианты написания: Алитойт, Алитойта, но форма Алитойть — самая частотная в современных базах данных. Фамилия малочисленна, поэтому её носители, скорее всего, связаны родством в пределах нескольких поколений. Если искать этимологию в русском языке, ничего не найдётся — это чистый прибалтийско-финский след, который сохранился благодаря тому, что фамилию не успели «обрусить».