Фамилия Алитова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Алитов, образована по простой и типичной для русской ономастики модели: суффикс -ов присоединился к основе Алит. Словообразовательная схема здесь классическая: от краткой формы имени или прозвища образовали притяжательное прилагательное, которое затем закрепилось как фамилия. В русской народной среде длинные канонические имена нередко усекали до коротких обиходных форм, и Алит — один из таких случаев.

Основа Алит, скорее всего, является производной от канонического имени Алипий (в просторечии — Алип). Имя Алипий греческого происхождения, означает «беспечальный» или «свободный от забот». От него пошли обиходные формы: Аля, Алик и, наконец, Алит. От последнего и пошла фамилия. Эта версия — самая распространённая и логичная, поскольку усечение имён до трёх-четырёх букв — массовое явление в русской ономастике.

Однако есть и другая версия, более редкая. В некоторых говорах слово «алит» могло быть прозвищем для человека с характерной манерой речи — от междометия «али» (то есть «или», «либо», «разве»). Так могли прозвать того, кто часто вставлял в разговор это слово, сомневался или переспрашивал. Но эта гипотеза менее убедительна: прозвища от таких частиц встречаются, но обычно давались людям с заметным речевым недостатком или привычкой, а фамилий на -ов от них образовано немного. В ономастике такие случаи единичны, и для фамилии Алитов версия с именем Алипий выглядит предпочтительнее.

С географической точки зрения фамилия Алитов (и Алитова) встречается в основном в центральных и южных областях России, реже — на Урале. В дореволюционных переписях носители этой фамилии не принадлежали к какому-то одному сословию: встречались и крестьяне, и мещане, и священнослужители. Последнее связано с тем, что имя Алипий часто давали при постриге в монахи, и фамилия могла закрепиться за потомками церковнослужителей. Таким образом, социальный состав носителей был пёстрым, что типично для фамилий, образованных от крестильных имён.