Фамилия Ализгаров — редкая, с неочевидной этимологией на стыке тюркских и арабских языков. Её основа — мужское имя Ализгар, которое в русской традиции превратилось в фамилию через патронимический суффикс -ов (буквально «сын Ализгара»). Само имя Ализгар — сложное, составное. Первая часть «Али» — арабского происхождения, означает «высокий», «возвышенный» (одно из имён Пророка Мухаммеда, широко распространено у мусульман). Вторая часть «згар» — скорее всего, тюркская, восходит к корню «йаз/яз» или «зар» со значением «писать», «письмо», либо к слову «зар» — «горе», «печаль». Таким образом, Ализгар можно перевести как «Али-писец» или, менее вероятно, «высокая печаль».

Версия с «писцом» выглядит более правдоподобной для прозвища. В тюркской среде, особенно в Поволжье и на Кавказе, сложные имена с компонентом «Али» и указанием на занятие или качество — обычное дело. Предок носителя фамилии мог быть грамотным человеком, писарем или переписчиком книг при мечети, и получил прозвище Ализгар (Али-писец), которое затем закрепилось как родовое имя. Возможна и связь с персидским «зар» — «золото», тогда Ализгар означало бы «золотой Али», но это менее типично для имён-прозвищ.

Географически фамилия тяготеет к регионам традиционного проживания татар и башкир, а также встречается у народов Дагестана. В метрических книгах XIX века она могла фиксироваться в вариантах Ализгаров, Алезгаров или даже Ализгеров — из-за особенностей местного произношения и записи русскими чиновниками. Суффикс -ов указывает на обрусение фамилии, что типично для татарских и башкирских родов, перешедших в сословие государственных крестьян или мещан.

Фамилия Ализгаров не входит в списки дворянских родов, её носители — скорее всего, выходцы из духовного сословия (муллы, муэдзины) или грамотных ремесленников. Других версий происхождения, кроме указанной, у этой фамилии нет — она не связана с русскими корнями или географическими названиями.