Фамилия Алигаров — редкая и неочевидная для носителя русского языка. Если отбросить привычные русские суффиксы, в основе лежит имя или прозвище Алигар. Самая вероятная версия — тюркское происхождение, где имя Алигар (или Али-Гар) восходит к арабскому Али (высокий, возвышенный) и тюркскому компоненту «гар» (гора, крепость, мужчина). В таком случае фамилия буквально означает «Али-гора» или «крепкий, как Али», и указывает на силу или высокое положение предка.

Менее распространённая, но возможная версия — искажение фамилии Алиханов или Алиев при записи в русских канцеляриях. В XIX веке, когда крестьянам и инородцам массово присваивали фамилии, писарь мог записать на слух «Алигаров» вместо «Алихаров» (от имени Али-Хан), особенно если носитель говорил с характерным «г» вместо «х» в диалекте.

Суффикс «-ов» указывает на обрусевшую форму: такую фамилию носили либо крещёные татары и башкиры, либо выходцы из Кавказа и Средней Азии, осевшие в центральной России. Сословно предки Алигаровых — скорее всего, государственные крестьяне или мещане, а не дворяне: фамилии с чисто тюркской основой и русским окончанием редко встречаются в родословных книгах высшего сословия.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — Татарстан, Башкортостан, а также Оренбургская и Самарская области, где исторически жили смешанные тюрко-славянские общины. В дореволюционных метриках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — вероятно, уже в начале XX века.