Фамилия Алигаева — женская форма, образованная от мужской основы Алигаев. Её ядро — корень «Алига-», восходящий к арабо-тюркскому имени Алига (также Алика). В основе лежит арабское имя Али («высокий», «возвышенный»), которое в тюркской среде, особенно у татар и башкир Поволжья и Кавказа, получило суффиксальное оформление -га или -ка. Такие формы часто несли уменьшительно-ласкательный оттенок, в отличие от полного имени.

Словообразовательная модель проста: к основе «Алига» добавили русский патронимический суффикс -ев (после заднеязычного «г» пишется именно «-ев», а не «-ов»). Алигаев буквально означает «сын Алиги». Этот суффикс — ключевая подсказка: фамилия формировалась в русскоязычной среде, скорее всего, при переписях XIX — начала XX века, когда тюркские имена адаптировали под русские фамильные окончания.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Астраханской области и северному Кавказу (кумыки, ногайцы). Встречается нечасто, что делает её регионально окрашенной. Если сравнивать с однокоренными — массовыми Алиевыми, Алимовыми или Алишевыми — Алигаева выделяется именно формантом -га. Он может указывать на конкретный диалект или на то, что имя-основа бытовало в среде, где предпочитали ласкательные варианты.

Сословную принадлежность предков определить без генеалогического поиска почти невозможно. Среди татарских мурз и башкирских старшин встречались фамилии от любых форм имени, поэтому полностью исключать дворянские корни нельзя. Но чаще фамилии от уменьшительных основ, а не от полного имени (как Алиев), фиксировались у крестьян и ремесленников.