Фамилия Алигаева — женская форма фамилии Алигаев, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Разбирать её стоит с корня «Алига-», который восходит к тюркскому или арабо-тюркскому имени Алига (Алика). В основе лежит арабское имя Али (высокий, возвышенный), которое в тюркской среде получило суффиксальное оформление: -га или -ка. Такие формы — Алига, Алика — были распространены в Поволжье и на Кавказе, особенно среди татар и башкир. Имя Али чрезвычайно популярно в исламском мире, и его производные в виде фамилий встречаются у многих народов.

Словообразовательная модель проста: к основе «Алига» добавляется русский патронимический суффикс -ев (по правилу, после заднеязычного «г» пишется «-ев», а не «-ов»). Таким образом, Алигаев — буквально «сын Алиги». Суффикс указывает на то, что фамилия формировалась в русскоязычной среде, вероятно, при переписях населения в XIX — начале XX века, когда тюркские имена адаптировали под русские фамильные окончания.

Географически фамилия Алигаева тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, а также Астраханская область и северный Кавказ (кумыки, ногайцы). Встречается она нечасто, что делает её регионально окрашенной. Если сравнивать с однокоренными — Алиев, Алимов, Алишев — то Алигаев выделяется именно формантом -га, который может указывать на конкретный диалект или уменьшительно-ласкательное значение имени-основы.

Сословная принадлежность предков вряд ли поддаётся однозначному определению. Скорее всего, это были крестьяне или ремесленники, так как у знатных родов чаще фиксировались фамилии на -ов с полным именем (Алиев), а не с уменьшительным вариантом. Однако в среде татарских мурз и башкирских старшин встречались любые вариации, поэтому полностью исключать дворянские корни нельзя — без генеалогического поиска ответа не найти.