Фамилия Алижанова — одна из тех, что образована от составного мужского имени. Её основа — два мусульманских имени: Али и Джан. Имя Али арабское, в переводе означает «высокий, возвышенный», «человек высокого звания, высокого достоинства». Джан — слово персидское, означает «душа, дух; близкий, дорогой, как душа». Сложив их вместе, получаем имя Алиджан — «дорогой, как душа, возвышенный человек» или «высокая душа».

По модели образования фамилия Алижанова — типичная для русского языка патронимическая фамилия. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Алижанова — буквально «дочь (или жена) Алиджана». В основе лежит имя отца, которое при русификации потеряло среднеазиатскую мягкость и пишется через «ж» вместо «дж» — это характерная особенность адаптации тюркских и персидских имён в русской письменности.

Процесс формирования фамилий у народов, исповедующих ислам, был длительным и неоднородным. На территориях, вошедших в состав Российской империи, фамилии по русскому образцу (с суффиксами -ов/-ев, -ин) стали массово закрепляться за мусульманами в XIX — начале XX века, особенно после переписей и введения паспортной системы. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Алижановых можно лишь на основании генеалогических исследований, но географически фамилия тяготеет к регионам, где пересекались арабо-персидская и тюркская культуры: Средняя Азия, Кавказ, Поволжье.

Примечательно, что имя Алиджан встречается и как самостоятельное, и как часть двусоставных имён у многих тюркских народов (узбеков, татар, азербайджанцев). Это значит, что носители фамилии Алижанова могут иметь разные этнические корни при общей основе.