Фамилия Алхутова образована от мужского имени или прозвища Алхут. Это имя стало основой для фамилии с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ов, указывающего на родство: «чей?» — Алхутов, то есть сын или потомок человека по имени Алхут. В женском роде фамилия звучит как Алхутова.

Происхождение самого имени Алхут остаётся предметом споров. Убедительнее всего выглядит версия, связывающая его с арабским словом «аль-хут» (الْحُوت), что означает «рыба». В арабском мире «рыба» могла быть прозвищем по роду занятий (рыбак, торговец рыбой) или по внешним признакам — например, за молчаливость или холодность. Эта версия правдоподобна, поскольку арабские заимствования проникали в русский язык через торговые и военные контакты, а также через посредничество тюркских народов.

Реже встречается гипотеза, возводящая основу к ивритскому слову «альхут» — «радио». Это объяснение кажется натянутым: слово «радио» в иврите — современное заимствование, а фамилии в основной массе формировались до XX века. Поэтому арабский корень выглядит исторически более обоснованным.

Фамилия Алхутова — редкая, её носители встречаются в основном на юге России и в Поволжье, регионах с давними контактами с тюркским и арабским миром. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий у разных сословий шёл с XV по XIX век. Для окончательных выводов о месте и времени появления рода Алхутовых необходимы углублённые генеалогические изыскания.