Фамилия Алкомян — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не славянское, а закавказское, и разбирать её нужно не через древнерусские прозвища, а через армянскую модель фамилии.

Основа «Алком» — это, скорее всего, искажённое или русифицированное армянское личное имя или прозвище. В армянском языке есть имя Аракел (Առաքել — «апостол»), от которого в диалектах могли образоваться формы вроде «Алкел» или «Алком». Другая версия отсылает к тюркскому слову «алком» (алчность, жадность), но для армянской фамилии это менее вероятно: такие прозвища редко становились основой родового имени. Самая правдоподобная гипотеза — связь с топонимом: село Алком (или Алкома) в исторической Армении, откуда мог выехать основатель рода.

Суффикс «-ян» — классический армянский патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду», «сын такого-то». В русской записи он часто сохраняется без изменений, хотя в некоторых документах XIX века его могли заменять на русское окончание «-ов». Фамилия Алкомян означает «из рода Алкома» или «потомок Алкома».

По социальному составу носители фамилии — скорее всего, выходцы из ремесленной или торговой среды Закавказья, переселившиеся в центральные губернии России в конце XIX — начале XX века. В метрических книгах и переписях эта фамилия встречается в основном у армян-григориан, реже — у армян-католиков. Географически она привязана к югу России, Краснодарскому краю, Ростовской области, а также к Армении и Грузии. В центральной России Алкомяны — явление редкое, почти штучное.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Алконян, где корень «Алкон» мог возникнуть из того же источника, но с другим диалектным произношением. Разница в одну букву («к» вместо «к») здесь не меняет сути: обе фамилии восходят к одному ономастическому гнезду.