Фамилия Алларган — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет совершенно нерусскую, а точнее, сложную составную основу. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён, прозвищ или названий профессий, Алларган явно происходит от иноязычного слова, которое было переосмыслено на русской почве.

Самый вероятный путь происхождения — тюркский или кавказский. Основа «аллар» может восходить к тюркскому «ал» (алый, красный, а также «возьми» или «обман») или к аварскому «аллар» (князья, господа). Вторая часть «-ган» — очень распространённый тюркский суффикс причастия или отглагольного прилагательного (например, «казан» — от «казы» — копать, или «туган» — рождённый). Таким образом, Алларган могло означать «взявший/получивший алый цвет», «обманщик» или, если брать аварскую версию, «господский», «княжеский». Последняя версия выглядит правдоподобнее, так как подобные фамилии нередко давали людям, служившим у знати, или потомкам местных правителей.

Интересно, что фамилия не получила типичного русского суффикса -ов или -ин. Она застыла в исходной, «голой» форме, что характерно для фамилий, принесённых в русскую среду из других культур в XVIII–XIX веках. Это могла быть фамилия выходца с Кавказа или из Поволжья, который поступил на русскую службу, был крещён или приписан к казачьему сословию. В таких случаях иностранную основу часто оставляли без изменений.

Искать корни фамилии стоит не в центральной России, а в южных регионах — на Кубани, в Ставрополье, в Астраханской области или в Дагестане. Встречаемость фамилии крайне низкая, поэтому с большой вероятностью все носители Алларган — потомки одного рода или нескольких родственных семей, разошедшихся по стране в XX веке. Написание через два «л» и «г» в конце — устоявшееся, но в старых документах могло встречаться и как «Аларган» или «Аллархан».