Фамилия Аллаева происходит от мужского имени Аллай. Скорее всего, это имя переводится как «принадлежащий Аллаху» — от арабского allah (Бог). Такая модель образования распространена в мусульманских культурах, где имена часто подчёркивают связь человека с Всевышним.

Существует и другая версия. По ней имя Аллай имеет карачаево-балкарские корни и связано со словом «аллай» в значении «такой». В этом случае прозвище могло указывать на какую-то особенность человека, которую окружающие выделяли словом «такой» — например, «вот такой» (сильный, высокий или, наоборот, с заметным характером). Менее вероятно, что в основе фамилии лежит английское ally — «друг, соратник, союзник». Эта гипотеза слабая: фамилии с тюркскими и арабскими корнями в регионе бытования Аллаевых встречаются несравнимо чаще, чем заимствования из английского.

Сама фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса -ев, который присоединялся к основам на -й. То есть Аллаева — буквально «дочь (или жена) Аллая». В русской традиции такие фамилии закреплялись за женщинами, а мужской вариант — Аллаев. Процесс формирования фамилий был долгим, поэтому точное место и время возникновения рода Аллаевых можно установить только через углублённые генеалогические изыскания.