Фамилия Аллакаев — один из тех случаев, когда корень не бросается в глаза и не лежит на поверхности тюркских или славянских словарей. Если отбросить суффикс -ев, который в русских фамилиях чаще всего указывает на «сына» или «принадлежность» (чей? — Аллакаев), то основа — Аллакай. Вот с ней и главная загадка.

Скорее всего, в основе лежит тюркское мужское имя или прозвище. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «Алла» — это Бог, а суффикс -кай/-кей часто образует ласкательные или уменьшительные формы имени. То есть Аллакай — это что-то вроде «Божий человек» или «Боженька» (ласково, как обращение к ребёнку). Встречается имя Аллакай и как вариант имени Аллаяр (дар Бога) в некоторых регионах Поволжья. Тогда фамилия Аллакаев — это буквально «сын Аллакая».

Вторая версия, более прозаическая, связывает фамилию с арабским словом «аллак» (связь, привязанность) или «аллака» (висеть, прикрепляться). В этом случае прозвище Аллака могли дать человеку настойчивому, «прилипчивому» или тому, кто занимался ремеслом, связанным с подвешиванием чего-либо (скажем, лудильщик или торговец, развешивающий товар). Но эта версия менее популярна у ономастов, так как суффикс -ай в тюркских именах встречается гораздо чаще, чем в прозвищах от арабских корней.

Географически фамилия Аллакаев тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Оренбургская область, Татарстан, Башкортостан. Встречается она нечасто, что говорит о том, что родоначальник был либо из небольшого села, либо фамилия закрепилась за одной ветвью, не размножившись массово.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «о» — Аллакаев или даже Аллакайев, что подтверждает её происхождение от личного имени. Сословно носители, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами, так как дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано.