Фамилия Алаев образована от древнетюркско-татарского имени Алай. В переводе с тюркских языков слово «алай» означает «полк». Имя Алай было нередким в допетровской Руси. В труде Степана Веселовского «Ономастикон» упоминается целая группа носителей этого имени: Артамон Иванович Алай Михалков (1574 год, Переяславль), Осип Никитич Алай Львов (умер в 1606 году), Андрей Игнатьевич Алай Челищев. Все они — представители служилых родов, что указывает на то, что имя Алай бытовало в среде дворянства и детей боярских.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Алай прибавили типичный фамильный суффикс -ев (после гласной «й» он даёт -ев, а не -ов). Так из имени Алай получилась фамилия Алаев. Судя по географической привязке из «Ономастикона», корни фамилии лежат в центральных уездах России — Переяславле и окрестностях Москвы, где в XVI–XVII веках имя Алай фиксируется у вотчинников и помещиков.

Есть и другая, менее очевидная версия: основа могла быть связана с тюркским словом «ала» («пёстрый», «рябой»). В таком случае Алай — прозвище по внешности или масти коня. Но большинство исследователей склоняются к военному значению «полк», так как оно лучше объясняет распространение имени в служилой среде. Фамилия Алаев — одна из тех, что прямо указывает на тюркское происхождение родоначальника, при этом сам род давно обрусел и влился в состав русского дворянства.