Фамилия Алмаханов не сразу раскрывает свой корень, но суффикс и состав основы дают чёткую подсказку о её происхождении. В основе лежит сложное имя «Алмахан», которое состоит из двух частей. Первая часть — «Алма» — восходит к тюркскому слову «алма», то есть «яблоко». В тюркской традиции имена с этим корнем (Алма, Алмагуль, Алмабике) были распространены и несли пожелание красоты, румянца или плодородия. Вторая часть — «хан» — древний тюркский титул, который в личных именах (Алтынхан, Бекхан, Айхан) обозначал не столько реальную власть, сколько почёт и пожелание быть предводителем. Таким образом, имя Алмахан можно перевести как «яблочный хан» или «хан с румянцем как яблоко» — для тюркской антропонимии это обычная метафора, а не поэтическое преувеличение.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий. В XIX–XX веках, когда у многих народов Российской империи начали массово фиксировать фамилии, к тюркским именам добавляли стандартный русский патронимический суффикс. Алмаханов буквально означает «сын (или потомок) Алмахана». Если бы фамилия осталась в тюркской среде, она могла бы звучать как Алмахан-улы (у казахов) или Алмаханов (у татар и башкир — под влиянием русского делопроизводства).

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешались тюркские и русские традиции именования: Татарстан, Башкортостан, северный Кавказ (кумыки, ногайцы), а также среди казахов и киргизов, чьи предки входили в состав Российской империи. Встречается и у чеченцев — здесь возможна адаптация через арабское имя «Алмахан» (где «ал-» могло быть артиклем, но это менее вероятно, так как в чеченском языке арабские имена обычно не дробятся на «ал-» + корень).

Иногда пытаются связать основу с арабским «ал-маха» (что-то вроде «сияние»), но это натяжка: в арабском нет устойчивого имени «Алмахан» с таким значением, а тюркская версия с «яблоком» и «ханом» объясняет всё без лишних допущений. Так что предки носителей фамилии, скорее всего, носили личное имя Алмахан — человека с румяным лицом или желанного сына, которому пророчили удачу.