Фамилия Алнагиев начинается с элемента, которого нет в фамилиях от русских крестильных имён: «Ал-». Это верный признак тюркской или арабо-тюркской основы. В таких языках «Ал» может означать «алый», «красный» или служить сокращением от имени Али (высокий, возвышенный). Чаще всего в основе лежит имя Алнаги (или Алнаг) — составное, где вторая часть восходит к арабскому «наджат» (спасение). Вместе получается «Али-спаситель» или «Али-избавитель». К этому имени добавили русский патронимический суффикс -ев, и фамилия стала означать «сын Алнаги».

Встречается и другая версия — от арабского «ал-наджжар» (плотник). Якобы прозвище Алнагир при переносе в русскую среду потеряло конечное «р» и превратилось в Алнагиев. Эта гипотеза слабее: суффикс -ев типичен для отчеств, а не для прямых прозвищ по ремеслу. Первая версия — от личного имени — выглядит правдоподобнее.

Фамилия редкая. Её носители живут в основном в регионах с татарским, башкирским или кавказским населением, где встречаются имена с элементом «наги» (спаситель). Основной вариант написания — с двойной «н»: Алнагиев. Такое удвоение — следствие канцелярской записи в XIX веке: писарь мог поставить две буквы по аналогии с частыми фамилиями вроде Абдуллаев. Иногда пишут с одной «н», но реже.

Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, носил тюркское составное имя Алнаги — с религиозным оттенком, означавшее «спасённый Али» или «Али-спаситель». Фамилия закрепилась через стандартную модель отчества и сегодня остаётся одним из немногих следов, по которому можно восстановить это забытое имя.