Фамилия Алныкин построена по продуктивной русской модели: к основе Алнык- добавляется притяжательный суффикс -ин. Это буквальный ответ на вопрос «чей?»: Алныкин — сын или потомок Алныки. Главная интрига — в происхождении самого имени Алныка, и здесь есть два равноправных объяснения.

Первая версия уводит в народную обработку крестильных имён. Алныка могла быть обиходной формой от Алексий (Алексей) или, реже, от Елевферий (в просторечии — Алфер). В русских говорах цепочка уменьшительных имён была длинной: Алёха, Алёша, Алёня, Алёкса, Алныка. Корень «Ал-» остаётся неизменным, а второй слог варьируется. В таком ряду Алныка — одна из многих местных форм, а фамилия Алныкин стоит в одном ряду с Алёхиным или Алексиным, просто её вариант закрепился в конкретной местности.

Вторая гипотеза связывает основу с тюркским или арабским именословом. В татарском и башкирском языках встречается имя Алнык со значением «ясный», «чистый», а также составное Алныкбай. В Поволжье и Приуралье, где столетиями соседствовали славяне и тюрки, фамилии на -ин нередко образовывали от нерусских корней. Алныкин в таком случае могла возникнуть у крещёного татарина или башкира: родовое имя Алныка просто русифицировали суффиксом.

Географически фамилия редкая, без выраженного «гнезда» — встречается разрозненно, что типично для фамилий от нечастых личных имён. Сословной привязки нет: в XVI–XVII веках суффикс -ин присваивали и крестьянам, и мещанам, и однодворцам. Написание устойчиво: варианты с двумя «н» (Алнынкин) или через «о» (Олныкин) в документах почти не фиксируются, что говорит о сравнительно позднем письменном закреплении, когда орфография уже устоялась.