Фамилия Алныкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа плюс притяжательный суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность — буквально «чей?» — «Алныкин» означает «сын Алныки» или «человек из рода Алныки». Вопрос упирается в то, что такое само имя или прозвище Алныка.

Здесь есть две основные версии, и обе имеют право на существование. Первая, более прямая: Алныка — это просторечная, обиходная форма крестильного имени. Скорее всего, от канонического имени Алексий (Алексей) или, реже, от Елевферий (в народном звучании Алфер). Уменьшительные формы в русской деревне образовывали десятками: Алёха, Алёша, Алёня, Алёкса, Алныка — логичный ряд, где корень «Ал-» сохраняется, а второй слог варьируется. В таком случае фамилия Алныкин — ровесница сотен других «усечённых» фамилий вроде Алёхин или Алексин, просто её форма прижилась в конкретной местности.

Вторая версия, менее распространённая, но не менее интересная: основа от тюркского или арабского имени. В татарском и башкирском именослове встречается имя Алнык (в значении «ясный», «чистый»), а также Алныкбай. В Поволжье и Приуралье, где веками шло смешение славянского и тюркского населения, фамилии на -ин нередко образовывали и от нерусских основ. Алныкин в этом случае могла возникнуть у крещёного татарина или башкира, чьё родовое имя Алныка русифицировали с помощью суффикса.

Географически фамилия редкая, без ярко выраженного «гнезда». Встречается разрозненно, что типично для фамилий, образованных от нечастых личных имён. Сословной привязки по ней не сделать: Алныкиными могли быть и крестьяне, и мещане, и однодворцы — суффикс -ин в XVI–XVII веках присваивали всем, независимо от происхождения. По написанию фамилия устойчива: варианта «Алныкин» с двумя «н» или через «о» (Олныкин) в документах почти не фиксируется, что говорит о сравнительно позднем письменном закреплении, когда орфография уже устоялась.