Фамилия Алоец — редкий случай, когда основа прозрачна, а происхождение почти наверняка не то, о чём подумают в первую очередь. На слух она кажется связанной с цветом: «алый» — ярко-красный. Но в русской ономастике фамилии от прилагательных в чистом виде почти не образуются, а если и образуются, то через суффиксы вроде -ов (-алов) или -ин (-алин). «Алоец» же имеет суффикс -ец, который в русских фамилиях работает иначе.

Суффикс -ец чаще всего указывает на принадлежность к месту или этносу. Сравните: донец — житель Донбасса, томец — из Томска, молдаванин через -ец даёт «молдавец». По той же модели «Алоец» — это, скорее всего, «выходец из Алая». Алай — это и горная система на юге Киргизии (Алайский хребет), и одноимённая река, и историческая область. Выходцы оттуда в документах Российской империи могли получить прозвище или фамилию «Алоец» — по месту прежнего жительства. Версия с рекой Алай (приток Вятки, есть в Кировской области) тоже возможна, но менее вероятна из-за малочисленности топонима.

Есть и вторая, более прозаичная гипотеза. В южных говорах «алой» или «ало́й» означало не цвет, а растение — алоэ (от латинского aloe). В XIX веке алоэ держали в домах как лекарственное средство, и человека, который торговал или выращивал алоэ, могли прозвать Алоем, а его потомков — Алоевыми или Алойцами. Форма «Алоец» вместо ожидаемого «Алоев» — результат усечения или диалектного произношения, когда суффикс -ец «съедал» окончание основы.

В любом случае, фамилия явно недревняя и не аристократическая. Она не встречается в боярских списках и родословных книгах XVII века. Её носители — скорее всего, крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписях XIX века либо переселившиеся из южных губерний или из Средней Азии. Оба корня — и топонимический, и прозвищный — одинаково правдоподобны, но без точного знания семейной истории предков различить их невозможно.