Фамилия Алтушкина — женская форма фамилии Алтушкин, и её происхождение напрямую связано с разговорным вариантом имени или прозвища. Основа здесь — «Алтушка», уменьшительная форма от имени Алтух или Алтуфей. Это, в свою очередь, народная, обиходная переработка крестильного имени Евтихий (от греческого «счастливый», «блаженный»). У восточных славян имя Евтихий в быту часто упрощалось до Автух, Алтух, а затем и до Алтушка. Таким образом, фамилия Алтушкин — типичный пример «полуотчества»: её образовали от уменьшительного имени отца при помощи суффикса -ин, который указывал на принадлежность («чей сын?» — Алтушкин).

Модель образования фамилии — одна из самых распространённых в русской ономастике (суффикс -ин). Однако сама основа «Алтушка» встречается реже, чем, скажем, «Петрушка» или «Ивашка», что делает фамилию заметной. Есть и другая, менее вероятная версия: что в основе лежит не каноническое имя, а прозвище от диалектного слова «алтух» — так в некоторых говорах называли болтуна, пустомелю или человека с невнятной речью (от «алтынничать» или «алтыкать» — болтать вздор). Но эта гипотеза слабая, так как прозвище Алтушка в старых документах почти всегда привязано к имени Евтихий.

Географически фамилия Алтушкин (и Алтушкина) тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к бывшим Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям. Там имя Евтихий в форме Алтух было особенно популярно среди крестьян. Сословно носители фамилии — почти исключительно крестьяне и мещане, поскольку у дворянских родов такая «простая» форма отчества не приживалась. Дворяне предпочитали фамилии на -ский или полные формы имён.

В написании фамилии стоит обратить внимание на безударную «у» в корне: Алтушкина, а не АлтУшкина, хотя ударение падает на второй слог. Встречающийся вариант «Алташкина» — это ошибка письменной фиксации, возникшая под влиянием акающего произношения. Правильное написание через «у» — единственно верное, так как оно восходит к исходному имени Алтух.