Фамилия Алтушкина — женская форма фамилии Алтушкин, и её происхождение напрямую связано с разговорным вариантом имени или прозвища. В основе лежит «Алтушка» — уменьшительная форма от имени Алтух или Алтуфей. Это народная, обиходная переработка крестильного имени Евтихий, которое восходит к греческому слову со значением «счастливый», «блаженный». У восточных славян имя Евтихий в быту часто упрощалось до Автух, Алтух, а затем и до Алтушка. Так фамилия Алтушкин стала типичным «полуотчеством»: её образовали от уменьшительного имени отца с помощью суффикса -ин, который указывал на принадлежность и отвечал на вопрос «чей сын?» — Алтушкин.

Модель образования с суффиксом -ин — одна из самых распространённых в русской ономастике, но основа «Алтушка» встречается реже, чем, скажем, «Петрушка» или «Ивашка», что делает фамилию заметной. Есть и другая, менее вероятная версия: в основе может лежать не каноническое имя, а прозвище от диалектного слова «алтух». В некоторых говорах так называли болтуна, пустомелю или человека с невнятной речью (от «алтынничать» или «алтыкать» — болтать вздор). Эта гипотеза слабая: в старых документах прозвище Алтушка почти всегда привязано к имени Евтихий, а не к диалектной лексике.

Географически фамилия Алтушкин (и Алтушкина) тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к бывшим Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям. Там имя Евтихий в форме Алтух было особенно популярно среди крестьян. Сословно носители фамилии — почти исключительно крестьяне и мещане: у дворянских родов такая «простая» форма отчества не приживалась, они предпочитали фамилии на -ский или полные формы имён. В написании стоит обратить внимание на безударную «у» в корне: Алтушкина, а не АлтУшкина, хотя ударение падает на второй слог. Встречающийся вариант «Алташкина» — ошибка письменной фиксации, возникшая под влиянием акающего произношения. Правильное написание через «у» — единственно верное, так как оно восходит к исходному имени Алтух.