Фамилия Алтушкин в большинстве случаев — это ответ на вопрос «чей ты будешь?». Её основа, Алтушка, была уменьшительной формой крестильных имён Елевферий или Елпидифор. Оба имени греческие, но в русской устной традиции их переделали до неузнаваемости: сложное для произношения начало «Ел...» заменили на «Ал...», а громоздкие концовки отбросили. Получилось короткое и привычное для слуха Алтух, а от него — ласкательное Алтушка. Суффикс -ин в фамилии работает как указатель родства: Алтушкин означало «маленький Алтушка», то есть сын, внук или потомок человека с таким прозвищем.

Есть и вторая версия, хотя она уступает первой в убедительности. В некоторых южнорусских говорах «алтухом» могли назвать скупого или мелочного человека — от глагола «алтынничать», то есть торговаться из-за каждой копейки (алтына). Однако прозвища на -ушк- (Алтушка, Васька, Петрушка) были типичны именно как домашние, обиходные формы имён в XV–XVII веках, и именно этот путь — от имени через уменьшительную форму к фамилии — самый распространённый и надёжный.

География фамилии подсказывает, где именно имя Елевферий было в ходу. Алтушкины чаще всего встречаются на юге России — в Воронежской, Ростовской областях и в Поволжье. В этих краях греческое имя прижилось лучше, чем на севере, где предпочитали другие варианты. По сословной принадлежности подавляющее большинство Алтушкиных — крестьяне и мещане; дворянских родов с такой фамилией история не знает.

Фамилия стоит в одном ряду с Алтуховым, Алтуниным и Алтуфьевым. Все они — вариации одной и той же основы (Алтух/Алтуш/Алтуня), но разные суффиксы указывают на то, как по-разному имя записывали и произносили в разных местностях. Алтушкин — один из таких вариантов, закрепившийся за конкретной ветвью рода.