Фамилия Алтушкин образована от имени или прозвища Алтушка. Это уменьшительная форма одного из двух канонических имён: Елевферий или Елпидифор. Оба имени греческого происхождения и в просторечии звучали как Алтух, Алтушка — через замену начального «Е» на «А» и с утратой сложных для русского уха сочетаний. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алтушкин буквально значит «сын Алтушки».

У фамилии есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «алтух» — это прозвище жадного или прижимистого человека, от диалектного глагола «алтынничать» (мелочно торговаться, скупиться). Однако связь с именем надёжнее: уменьшительные формы на -ушк- (Алтушка, Васька, Петрушка) широко бытовали в XV–XVII веках и дали множество фамилий.

Алтушкины — фамилия нередкая для юга России, особенно для Воронежской и Ростовской областей, а также для Поволжья. В этих регионах имя Елевферий встречалось чаще, чем в северных губерниях. Сословно носители фамилии в основном были крестьянами и мещанами — дворянских родов Алтушкиных не зафиксировано.

Фамилия стоит в ряду однокоренных: Алтухов, Алтунин, Алтуфьев. Все они восходят к той же основе, но отличаются суффиксами, что говорит о разных вариантах произношения и записи одного имени в разных местностях.