Фамилия Алдушкин при первом взгляде кажется простой, но точное её значение ускользает. В ней отчётливо выделяется суффикс -ин, который в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?»: Алдушкин — значит сын или потомок человека по имени или прозвищу Алдушка. Центральный вопрос — что стоит за этим Алдушкой.

Самая вероятная версия ведёт к крестильному имени Евдоким (в переводе с греческого — «доброславный» или «пользующийся доброй славой»). В народной речи это имя сильно сокращали и переиначивали: от Евдокима через формы Авдоким и Овдоким получали уменьшительные Авдя, Овдя, Авдошка. Ключевая деталь — для русского Севера и Поволжья типичен диалектный переход «Авд» в «Алд». Если применить это правило, из Авдошки легко выходит Алдушка. Сын такого Алдушки и становился Алдушкиным. Эта гипотеза сильна ещё и тем, что однокоренные фамилии от Евдокима (Авдюшкин, Алдошин, Алдунин) вполне привычны в русской ономастике.

Вторая, менее распространённая версия отталкивается от прозвища. В некоторых говорах «алдун» или «алдык» могли называть человека медлительного, вялого или неуклюжего. Однако эта гипотеза слабее: прозвищная основа «алд-» встречается крайне редко, в то время как производные от Евдокима — обычное дело. Если бы это было прозвище, мы бы ожидали большего числа самостоятельных, не связанных с именем фамилий с таким корнем, но их нет.

Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермскому краю. Именно там, в зоне северорусского говора, переход «ав» в «ал» был особенно активен. Это позволяет с высокой вероятностью утверждать, что предки носителя фамилии Алдушкин жили на северо-востоке европейской России. Фамилия не дворянская и не купеческая — это поздняя, «бытовая» фамилия, которая закрепилась за простым человеком по имени его отца. Скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, и фамилия оформилась уже после отмены крепостного права, когда понадобилось закрепить родовое имя за целой семьёй.