Фамилия Алдушин происходит от имени Алдуша — народной, разговорной формы канонического имени Евдоким. В переводе с греческого Евдоким означает «славный, окруженный почетом». Модель образования фамилии прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Алдушин — это «сын Алдуши» или «потомок Алдуши». Такая патронимическая схема типична для русских фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или их производных форм.

Менее вероятна версия, связывающая основу с женским именем Евдокия (греч. «благоволенье»), от которого тоже могла возникнуть форма Алдуша. Однако в пользу первого объяснения говорит то, что мужские имена чаще становились основой для фамилий, особенно в крестьянской и мещанской среде, где фамилии закреплялись по отцу.

Имя Евдоким было распространено в церковной традиции, а в быту его сокращали до более простых и удобных для произношения вариантов — Алдуша, Докима, Ким. Фамилия Алдушин, таким образом, закрепилась за потомками человека, которого в окружении звали именно Алдушей. Со временем прозвище или домашнее имя перестало восприниматься как уменьшительное и стало родовым.