Фамилия Алдунин образована от имени Алдуня — народной, разговорной формы крестильного имени Евдоким. В переводе с древнегреческого Евдоким означает «славный» или «окруженный почетом». Такое сокращение — Алдуня вместо полного Евдоким — типично для русской бытовой традиции: длинные и непривычные для слуха канонические имена в повседневной речи укорачивали, переделывали на свой лад. Например, так же появились Алдонин (от того же корня) или Авдуня от Евдоким.

Сам Евдоким — раннехристианский святой, живший в IX веке в Каппадокии. Согласно житию, он скончался в возрасте тридцати трех лет, а вскоре после смерти от его мощей начались чудотворения, что возвестило о его святости. На Руси это имя было распространено в основном в крестьянской и мещанской среде, особенно в южнорусских и центральных губерниях.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алдунин — «сын Алдуни» или «потомок Алдуни». Такая модель преобладала в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. Таким образом, носитель фамилии Алдунин — потомок человека, которого в быту звали Алдуня.

Встречается фамилия в разных вариациях: Алдунин, Алдонин, Алдунов. Первая форма — самая редкая и локально привязанная. Если ваш предок носил фамилию Алдунин, он, скорее всего, происходил из семьи, где имя Евдоким передавалось через поколение, а в быту закрепилось в сокращённой, домашней форме.