Фамилия Алдуненков — одна из тех, что связывают носителя с культурой коренных народов Сибири. Её основа восходит к эвенкийскому слову «алдун», что означает «каменистое место». Скорее всего, прозвище или имя, от которого пошла фамилия, дали человеку, родившемуся или жившему в такой местности. У эвенков и эвенов (прежде их вместе называли тунгусами) не было строгого списка общеупотребительных имён, но существовали типичные окончания: -ул, -га, -кан, -чан, -ей, -ни, -ча. Имя или прозвище могли отражать внешность, характер, время года или особенности места рождения.

Сама фамилия Алдуненков прошла долгий путь. Сначала, вероятно, существовала форма с суффиксом -енко, характерным для украинской и белорусской традиции. Затем, при русификации и закреплении в документах, к основе добавили типичный русский суффикс -ов. В XVIII–XIX веках эвенки массово принимали христианство, и их фамилии нередко сливались с фамилиями русского сибирского населения. Исключением остались лишь некоторые родовые группы, например, в Илимпийском районе бывшего Эвенкийского автономного округа, где фамилиями служили прежние родовые этнонимы. Алдуненков — пример фамилии, которая сохранила в себе эвенкийскую лексику, хотя и приобрела славянское оформление.

Среди носителей фамилии есть человек, которым можно гордиться. Пётр Ефимович Алдуненков — Герой Советского Союза, наводчик орудия. 15 августа 1944 года он отличился в бою у населённого пункта Метель в Польше. Его награды — ордена Ленина, Отечественной войны 1-й степени и медали.