Фамилия Алдунова, вероятно, восходит к древнетюркскому мужскому имени Алдун, которое переводится как «первенец». Вероятнее всего, это имя давали первому ребенку в семье. Также возможно, что в основе фамилии Алдунова лежит тюркское слово «алдунмак» - «ошибаться, обмануться». В таком случае, Алдуном могли прозвать человека, который был очень доверчивым, верил всему, что ему говорят. Менее вероятно, что Алдун – это народная форма имени Евдоким, которое в переводе с греческого означает «славный, окруженный почетом». В таком случае, основатель рода Алдуновых был человеком из простого сословия. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Алдуновых можно лишь на основании генеалогических исследований.