Фамилия Алдунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. В основе лежит имя Алдуня — производная форма мужского крестильного имени Евдоким. Евдоким в переводе с древнегреческого означает «славный, окруженный почетом». Скончался он в возрасте тридцати трех лет, и вскоре после его смерти начались чудотворения от его мощей, что возвестило о его святости.

Имя Алдуня — это не единственная просторечная форма от Евдоким. В народе бытовали и другие варианты: Авдоким, Овдоким, а также уменьшительные Авдя, Докима, Доким. Все они, как и Алдуня, дали начало отдельным фамилиям: Авдокимыч, Докимов, Алдунов. Таким образом, фамилия Алдунин входит в целое гнездо однокоренных фамилий, объединенных общим каноническим источником.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алдунин — это «чей?» — сын или потомок Алдуни. Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от личных имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. О точном месте и времени возникновения фамилии Алдунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Алдунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе народную форму древнего имени.