Фамилия Алдуненко — яркий пример фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «сын» или «потомок». Соответственно, Алдуненко — это потомок человека, которого звали Алдун. Чтобы понять значение фамилии, нужно разобраться с этим редким и неочевидным личным именем или прозвищем Алдун.

Вероятнее всего, основа Алдун — это производная форма от крестильного имени. В русской и украинской народной традиции имена часто усекали и добавляли уменьшительные суффиксы. Алдун могло возникнуть от имени Александр (через формы Алекса, Алеха, Алдя, Алдун) или, что менее вероятно, от имени Алфей (Алфий). В этом случае фамилия означает «сын Алдуна», а сам Алдун — это, скорее всего, Александр в бытовом, домашнем произношении. Такая модель словообразования характерна для южных и восточных областей Украины, где фамилии на -енко особенно массово закрепились в XVI–XVII веках среди казачества и крестьянства.

Существует и другая, более редкая версия, которую не стоит полностью отметать. В некоторых говорах слово «алдун» могло быть прозвищем, связанным с диалектным глаголом «алдыкать» (бормотать, говорить невнятно) или с тюркским заимствованием «алды» (впереди, передний). Однако эта гипотеза слабая: прозвище Алдун не фиксируется в исторических документах как распространённое, а связь с крестильным именем выглядит намного естественнее и подкрепляется аналогиями (Петруненко от Петрун, Ивануненко от Иван).

Фамилия Алдуненко — редкая. Она почти не встречается в центральных и северных областях России, но может быть локально распространена в южных регионах (Краснодарский край, Ростовская область) и в восточной Украине, куда в своё время переселялись казачьи семьи. Носитель такой фамилии почти наверняка происходит из среды простого сословия — казаков, крестьян или мещан, — где имена и прозвища активно сокращали и видоизменяли. Дворянские фамилии такой модели в старину почти не образовывались.