Фамилия Алдунина — вариант женского рода от фамилии Алдунин. Её основа — старинное русское имя Алдуня, которое является производной, уменьшительной формой от крестильного имени Евдоким. В переводе с древнегреческого Евдоким означает «славный, окруженный почетом». Святой Евдоким, в честь которого называли детей, прожил недолгую жизнь — скончался в возрасте тридцати трех лет, а вскоре после смерти от его мощей начались чудотворения, что возвестило о его святости.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: имя Алдуня плюс типичный для русских фамилий суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Алдуни). Такая модель была особенно распространена в простонародной среде: если основатель рода Алдуниных был человеком из простого сословия, то его домашнее, некалендарное имя Алдуня легко закреплялось за детьми и внуками в качестве фамилии. Таким образом, потомок человека по имени Алдуня со временем получил фамилию Алдунин, а его дочь или жена — Алдунина.

Стоит отметить, что имя Евдоким и его народные формы (Доким, Авдоким, Алдуня) были особенно популярны в северных и центральных губерниях России, поэтому географически фамилия Алдунина чаще всего встречается в этих регионах. В отличие от дворянских фамилий, образованных от полных церковных имен, Алдунина несет отпечаток живой народной речи — тот самый случай, когда длинное официальное имя сократили до короткого и удобного бытового прозвища.