В основу фамилии Алдунина легло имя Алдуня - производная мужского крестильного имени Евдоким, которое в переводе с древнегреческого означает «славный, окруженный почетом». Скончался Евдоким в возрасте тридцати трех лет. Вскоре после его смерти начались чудотворения от его мощей, что возвестило о его святости. Вероятно, основатель рода Алдуниных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алдуня, со временем получил фамилию Алдунин.