Фамилия Алдуненков — один из примеров того, как эвенкийское слово стало основой для русской по форме фамилии. Корень здесь — эвенкийское «алдун», что значит «каменистое место». Вероятно, так прозвали человека, который жил в такой местности, или дали имя ребенку по месту рождения: у тунгусов (прежнее название эвенков и эвенов) было принято называть детей, сообразуясь с особенностями местности, временем года или чертами характера. Дохристианские имена у этих народов часто имели типичные окончания: -ул, -га, -кан, -чан, -ей, -ни, -ча, и слово «алдун» вписывается в эту модель как основа, а не как готовое имя.

Словообразовательная модель фамилии необычна и говорит о долгом пути: сначала, скорее всего, появилась форма Алдуненко — с украинским или белорусским суффиксом -енко, который указывал на потомка или принадлежность. Затем, при русификации, к ней добавили типичный русский суффикс -ов, закрепив фамилию в варианте Алдуненков. Такая двойная суффиксация — редкая деталь, которая выдает миграцию или смену культурного контекста: эвенки, приняв христианство в XVIII–XIX веках, часто получали фамилии, совпадающие с русскими сибирскими, но основа у них оставалась своя. Исключение составляют лишь некоторые группы, например эвенки Илимпийского района, у которых фамилиями служат родовые этнонимы.

Среди носителей фамилии — Петр Ефимович Алдуненков, Герой Советского Союза, наводчик орудия, отличившийся в 1944 году в бою у польского населенного пункта Метель. Его пример показывает, что фамилия, восходящая к сибирскому корню, встречается и далеко за пределами Восточной Сибири. Точное время и место возникновения фамилии установить сложно, но ясно одно: она сохранила в себе лексику эвенкийского языка, пройдя через несколько этапов адаптации в русской среде.