Фамилия Алдонин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Алдонин послужило церковное имя Евдоким. Мужское крестильное имя Евдоким в переводе с древнегреческого на русский язык означает «славный, окруженный почетом». В основу фамилии легла производная форма имени ― Алдоня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алдоня, со временем получил фамилию Алдонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Алдонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Алдонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.