Фамилия Алдонова образована от мужского имени Алдон. Это имя — одна из просторечных, народных форм канонического крестильного имени Евдоким. В переводе с древнегреческого Евдоким означает «славный» или «окруженный почетом». Появление таких сокращённых, «домашних» форм — обычное дело в русской среде: длинные и торжественные церковные имена в быту укорачивали и переделывали на свой лад. Так Евдоким превращался в Докима, Кима, а в некоторых говорах — в Алдона.

История самого святого Евдокима, жившего в IX веке, довольно коротка. Он скончался в возрасте тридцати трёх лет, а вскоре после смерти от его мощей начались чудеса, что и прославило его как святого. Но для крестьянской среды важнее было не житие, а привычное, удобное для произношения имя, которое давали ребёнку в память о святом покровителе.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Алдон добавился типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Фамилия Алдонов (и её женская форма Алдонова) буквально означает «сын Алдона» или «потомок Алдона».

Скорее всего, основатель рода Алдоновых был человеком из простого сословия — крестьянином или посадским. В дворянской и купеческой среде чаще фиксировали полные, книжные формы имён, а народные варианты вроде Алдон оставались в среде, где грамотность была редкостью, а имя передавалось на слух.

Фамилия эта редкая, и её география, скорее всего, связана с центральными или южнорусскими областями, где были распространены акающие говоры: имени Алдон в них звучало бы естественно (как Олдон, но с аканьем). Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Евдокимов, Докимов, Кимов, — то Алдонов стоит особняком: она сохранила неочевидную, сильно изменённую форму исходного имени.