Фамилия Алдонов образована от просторечной формы крестильного имени Евдоким. В переводе с древнегреческого Евдоким означает «славный, окруженный почетом». В народной среде это имя, длинное и книжное, сократили до Алдон — так было удобнее в быту, в разговоре. От этого усеченного варианта и пошла фамилия: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Алдона» или «из рода Алдона».

Имя Евдоким носил византийский святой, живший в IX веке. Он скончался молодым, в тридцать три года, но вскоре после смерти от его мощей начались чудотворения, что и прославило его как святого. Этот факт из жития мог поддерживать популярность имени в православных семьях, а значит, и фамилии, от него производной.

Фамилия Алдонов встречается нечасто, но её словообразовательная модель прозрачна: основа Алдон плюс патронимический суффикс -ов. Такие фамилии типичны для русского ономастикона, где полное каноническое имя давало множество народных вариантов — от них и возникали родовые прозвания. По сословной принадлежности предки-носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, поскольку именно в этих средах усеченные формы имен были особенно распространены.