Фамилия Алдонин образована от мужского крестильного имени Евдоким. В переводе с древнегреческого оно означало «славный, окруженный почетом». В основу фамилии легла не полная, а производная, народная форма этого имени — Алдоня. Такие сокращения были типичны для повседневного общения: длинные и торжественные церковные имена в быту укорачивали и переделывали на свой лад. Так Евдоким превратился в Алдоню, а затем и в фамилию Алдонин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алдонин буквально означало «сын Алдони» или «человек из рода Алдони». Модель образования через -ин характерна для фамилий, произошедших от основ на -а/-я — в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые обычно образуются от слов, оканчивающихся на согласный.

Однокоренные фамилии — Алдонов, Алдошин, Алдохин — тоже восходят к разговорным вариантам того же Евдокима. Встречается и написание через «а» в корне, хотя в церковнославянской традиции имя писалось через «е». Это объясняется естественной сменой «е» на «а» в безударном положении в живой речи: из «Евдоким» — «Авдоким», а затем и «Алдоним». Таким образом, фамилия Алдонин — не редкое исключение, а один из многих примеров того, как книжное имя обрастало бытовыми формами и закреплялось в фамильном прозвании.