Фамилия Алдоновы образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. В основе фамилии лежит имя Алдон — производная форма мужского крестильного имени Евдоким. Евдоким переводится с древнегреческого как «славный, окруженный почетом». Святой Евдоким, живший в IX веке, скончался в возрасте тридцати трех лет, и вскоре после смерти от его мощей начались чудотворения, что возвестило о его святости. Имя Алдон — типичный пример народной переработки церковного имени: такие сокращенные или усеченные формы (как Афоня от Афанасий или Демьян от Дамиан) были широко распространены в повседневном общении. Поэтому потомок человека по имени Алдон со временем получил фамилию Алдонов.

Модель образования проста: к основе Алдон- добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Алдона). Такая схема (имя + -ов/-ев) характерна для подавляющего большинства русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках. О точном месте и времени возникновения фамилии Алдоновы сейчас говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным и шел неравномерно в разных регионах. Однако можно предположить, что первоначально фамилия закрепилась в центральных или южнорусских землях, где имя Евдоким было особенно популярно.

В отличие от многих фамилий на -ов, у Алдоновых нет очевидной географической привязки или связи с известным ремеслом — это чисто «именная» фамилия, что делает её типичным памятником русской антропонимии, где личное имя предка стало родовым прозванием.