Фамилия Алдонина образована от мужского крестильного имени Евдоким. В переводе с древнегреческого оно означает «славный, окруженный почетом». В русской народной традиции полные церковные имена часто сокращали до обиходных форм — так на основе имени Евдоким возникла форма Алдоня. Именно она и легла в основу фамилии.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Алдонина — буквально «дочь или жена Алдони». Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия, где такие сокращённые имена были особенно распространены. В среде крестьян и посадских людей полное имя Евдоким встречалось реже, чем его «домашние» варианты.

Интересно, что в некоторых говорах начальное «Е» в имени Евдоким могло отпадать, а «в» переходить в «л» — так и появилось звучание «Алдоня». Аналогичные процессы наблюдаются в фамилиях Авдонин (от Евдокия) или Акулинин (от Акилина). Таким образом, фамилия Алдонина хранит следы живой народной переработки книжного церковного имени.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где имя Евдоким было в ходу у старообрядцев и крестьян. Встречаются также однокоренные фамилии Алдонов, Алдошин — все они восходят к одной основе, но с разными суффиксами.