Мужское крестильное имя Евдоким в переводе с древнегреческого на русский язык означает «славный, окруженный почетом». В основу фамилии легла производная форма имени ― Алдоня. Скорее всего, основатель рода Алдониных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Алдоня, со временем получил фамилию Алдонина.