Фамилия Алдушины образована от имени собственного. В её основе лежит народная форма Алдуша, которая восходит к церковному имени Евдоким. В переводе с греческого Евдоким означает «славный, окружённый почётом». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алдушин буквально значит «сын Алдуши» или «потомок Алдуши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Менее вероятная версия связывает Алдушу с женским именем Евдокия (греч. «благоволение»), от которого тоже могли образовывать производные формы. Однако в ономастике основным источником чаще считают мужское имя — фамилии на -ин преимущественно образовывались от отцовских имён. Если бы в основе лежало женское имя, фамилия могла бы указывать на внебрачного ребёнка или происхождение от матери, но такие случаи редки и обычно оговариваются отдельно.

О точном месте и времени возникновения фамилии Алдушины говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век. В разных регионах одни и те же основы могли давать фамилии независимо друг от друга. Поскольку Алдуша — просторечная форма канонического имени, носители фамилии могли жить и на севере, и в центральных областях России. Встречаются варианты написания «Алдушин» и «Алдушины» — последний указывает на семейную принадлежность во множественном числе, что характерно для обозначения целого рода или династии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Алдухов, Алдуховский, Алдушев — показывает, что основа «Алд-» встречается редко. Это делает фамилию Алдушины заметным памятником русской антропонимии, сохранившим живую народную форму имени, которая почти вышла из употребления.