Фамилия Айдунова — женская форма фамилии Айдунов, и её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими корнями. Основа «айдун» или «айдын» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «светлый», «ясный», «лунный» или «просвещённый». Слово «ай» — луна, а «дун/дын» — устойчивый суффикс, образующий прилагательные. Таким образом, исходное прозвище Айдун могли дать человеку со светлыми волосами, светлой кожей или просто ясным, открытым характером. Встречается и вариант, где Айдун — это личное имя, популярное у тюркских народов, которое со временем закрепилось как фамилия.

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий, возникших в среде татар или башкир: тюркское имя или прозвище на -ов/-ев адаптировалось под русскую патронимическую систему. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Айдунов, то есть сын или потомок Айдуна. Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде русских крестьян, контактировавших с тюркским населением, — тогда прозвище Айдун давали как характеристику внешности, не связанную с этничностью.

Географически фамилия Айдунова чаще всего встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и в Казахстане, что подтверждает её тюркское происхождение. Менее распространённый, но возможный вариант — связь с арабским именем Айдан (значение «подарок»), но для русской фамилии это менее типично, так как в тюркской среде имя Айдун более употребительно.

Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, но не исключено, что среди них встречались и служилые татары, которые в XVI–XVII веках переходили на русскую службу и получали земли. Фамилия не относится к дворянским, но её носители могли быть зажиточными ремесленниками или торговцами. В любом случае, Айдунова — это фамилия, которая прямо указывает на светлую примету предка, будь то цвет волос или прозвище за ум и ясность мысли.