Фамилия Айданова — женская форма фамилии Айданов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — имя или прозвище Айдан. В русской ономастике эта фамилия почти наверняка тюркского происхождения, что сразу сужает круг поисков: предки носителей фамилии, скорее всего, жили в регионах с тюркским населением — в Поволжье, на Урале, в Сибири или на Кавказе.

Само имя Айдан в тюркских языках составное: «ай» — луна, месяц, и «дан» — слава, известность. Вместе это можно перевести как «лунная слава» или «светлый, как луна». Встречается оно у татар, башкир, казахов, кумыков и других народов. В некоторых диалектах Айдан могло быть и прозвищем, данным человеку с бледным лицом или спокойным, «лунным» нравом. Суффикс -ов в фамилии Айданов — стандартный русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии по русскому образцу, например, при переписях или в документах. То есть буквально Айданов — это «сын Айдана».

Интересная деталь: в славянской среде фамилия Айданов могла возникнуть и независимо, от редкого крестильного имени Айдан (католический святой, епископ Линдисфарнский), но это скорее исключение. В русских православных святцах такого имени нет, поэтому для подавляющего большинства носителей в России версия с тюркским корнем — основная. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и в среде татарской диаспоры. Сословной привязки нет: носителями могли быть и крестьяне, и купцы, и служилые люди из татарских родов.